部落冲突中的法术可以升级，所有常规法术以及暗黑法术都能够依靠实验室完成强化，以此提升各项战斗属性。升级法术的建筑为村庄里的实验室，法术工厂仅仅用来制作法术，并不会提供升级功能。进入实验室界面，就能查看全部已经解锁法术的当前等级，以及下一等级带来的属性加成，同时还会标注升级所消耗的资源类型。圣水法术消耗普通圣水，毒药、急速这类暗黑法术，则需要暗黑重油进行升级，资源消耗量会随着等级不断上涨。
每一次升级，法术的核心效果都会获得实质性增强，不同类型法术的提升方向各不相同。雷电法术升级主要增加单次法术伤害，高等级的雷电法术可以直接摧毁敌方关键防空建筑，为空中部队扫清障碍。治疗法术升级后，持续时长以及每秒恢复血量同步提高，能够长时间维系地面部队的血量。狂暴法术升级提升伤害加成与移速加成，满级狂暴可以极大拉高部队整体输出。冰冻法术升级延长控制时长，镜像法术升级能够复制更大人口的兵力，毒药法术升级提升持续伤害并且进一步削减敌方援军的攻击速度，各类新式法术，例如召回、冰障、复苏法术，升级之后同样会强化自身专属能力。
升级法术需要匹配大本营以及实验室等级，大本营等级不足，实验室无法继续升级，法术也就不能突破当前等级上限。不少玩家容易走入误区，一味平均升级全部法术，分散资源，正确的做法是划分升级顺序。前期优先升级雷电、狂暴、治疗法术，这三类法术适配绝大多数进攻流派，不管是地面野猪、胖法流派，还是飞龙空军流派，都可以频繁使用。基础三类法术成型之后，再升级毒药、冰冻、地震法术，应对部落援兵以及密集城墙阵型。高本阶段再重点培养镜像、召回、复苏法术，适配飞艇前戏、超级部队这类高阶打法。
法术工厂的等级也会间接影响法术的实战发挥，法术工厂等级决定携带法术的容量，就算法术等级拉满，容量不足依旧搭配不出完整的法术组合。升级法术的过程中，不会打断法术的生产，日常备战造兵不会受到任何干扰。实战里，等级差距带来的效果差距十分明显，两级之差的狂暴法术，整体输出差距十分突出，低等级法术很难应对高防御的村庄。资源有限的情况下，弹跳、急速这类功能性法术，达到基础等级就可以暂时停下，把资源集中投入到核心法术当中，以此稳步提升整体进攻实力。
